再生資源經濟是一種新的社會經濟運行機制，需要重新構建一個新的制度框架，對人與自然的關系和人類社會生產關系進行新的制度安排。制度的經濟功能和社會功能意味著創新再生資源經濟制度的必要性，制度變遷與經濟發展和社會進步的關系說明再生資源經濟制度創新的必然性，制度起源與制度本質的理論界說有助于揭示再生資源經濟作為一種經濟形態制度變遷的規律性。再生資源經濟與一般經濟形態的不同在于它的正外部性和公共品性質，因此，循環經濟制度變遷的主體和動機具有特殊性，制度變遷的動力和制度供求關系的變化不是簡單地運用“經濟人”假設、理性決策和均衡等概念可以解釋的，由此形成的制度變遷方式和路徑也需要重新設計。

運用制度變遷理論研究再生資源經濟，包括從制度變遷與經濟發展的關系、制度變遷與生態系統轉型的關系、制度創新與再生資源經濟促進的關系以及促進再生資源經濟的非正式制度等方面對再生資源經濟制度變遷規律進行探討。在制度變遷方式上，注意強制性變遷與誘致性變遷、主導性變遷與協同性變遷、整體性變遷與局部性變遷的結合。在制度供給與需求上，根據不同領域、不同環節有著不同的制度需求，從而采取相應的制度安排：針對“既循環又經濟”，以利用市場為主；針對“雖循環不經濟”，以完善價格機制和產業化政策為主；針對“雖經濟難循環”，以技術扶持政策為主；針對“雖經濟不循環”，以庇古稅為主。在制度變遷路徑上，分析再生資源經濟發展的制度互補性、制度適應性、路徑依賴性、制度關聯性與“多米諾骨牌”策略。